Asutamisest saadik (2001) on Eesti Pagulasabi üks peamistest tegevusvaldkondadest olnud huvikaitse. Me seisame pagulaste õiguste ja heaolu eest nii kohalikul, riiklikul kui ka rahvusvahelisel tasemel kooskõlas organisatsiooni mandaadi, prioriteetide ja programmidega.

Meie üks olulisemaid tegevusi on järjepidev pagulaste õiguste täitmise monitoorimine ehk rahvusvahelise kaitse seire. Me kuulame tähelepanelikult, mida pagulased meile räägivad. Koondame järjepidevalt ja süsteemselt pagulastelt tagasisidet nii kitsaskohtade kui ka süsteemsete rikkumiste kohta. Kui saame aidata kaasa pagulaste probleemide lahendamisele, teeme seda.

Pagulaste huvide eest seistes on Eesti Pagulasabi oma tegutsemise vältel teinud valitsusele ja Riigikogule arvukaid ettepanekuid, kommenteerinud seaduseelnõusid, korraldanud konverentse ja koostanud varjupaigavaldkonda puudutavaid raporteid. Mõtleme kaasa ja avaldame oma arvamust. Vaidleme, kui kavandatavad seadusandlikud muudatused ei ole kooskõlas pagulaste huvidega.

Huvikaitseprogrammi raames teeme tihedat koostööd nii omavalitsuste kui ka riiklike institutsioonidega. Samuti teiste inimõiguseid kaitsvate organisatsioonidega Eestis ning Euroopa pagulasorganisatsioonide katusorganisatsiooni Euroopa Põgenike ja Pagulaste Nõukoguga (European Council on Refugees and Exiles).